日蓮正宗の末寺は、すべて総本山大石寺を根本としております。また末寺の住職は、日蓮正宗管長（御法主上人）の任命によって就任します。
これは本宗の末寺はすべて総本山の所有するところであり、末寺住職は御法主上人の名代として各地に派遣され、定められた寺務・法務を代行することを意味しています。
日有上人の『化儀抄』七十四条に「本寺直の弘通所にて経を持つ真俗の衆は数代を経れども本寺の直弟たるべし」（富要 一－七一頁）とあり、日達上人も「その寺の本山法主上人の御代理人たる住職」（達全 一－四－五五七頁）と明確に指南されています。
本宗の末寺において、住職が御本尊を下付するのは、御法主上人の代理として許可を受けたうえでのことなのです。
